3D-Microalgae software used for the estimation of microalgae biovolumes and surface area

Anton M. Lyakh

doi:10.5281/zenodo.162745

Anton M. Lyakh Institute of Biology of the Southern Seas NAS of Ukraine, Nakhimova av., 2, Sevastopol, 99011, Ukraine

DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.162745

Abstract

The main steps of using of an original software package 3D-Microalgae for constructing three-dimensional geometric models of microalgae shells and estimating of their biovolume and surface areas are described. An improved method realized in the software allows significantly increasing the accuracy of that morphometrical characteristics calculation.

References

Алеев Ю.Г. 1976. Нектон. Наук. думка, Киев.
Апонасенко А.Д., Щур Л.А., Лопатин В.Н. 2000. Роль удельной поверхности клеток в продуктивности фитопланктона. Доклады Академии Наук 375 (3): 415–417.
Брянцева Ю.В. 2005. Индекс формы одноклеточных водорослей как новый морфометрический критерий. Экология моря 67: 27–31.
Брянцева Ю.В., Лях А.М., Сергеева А.В. 2005. Расчет объемов и площадей поверхности одноклеточных водорослей Черного моря. Севастополь. (Препринт. НАН Украины, Институт Биологии Южных морей).
Киселев И.А. 1969. Планктон морей и континентальных водоемов. Т. 1. Вводные и общие вопросы планктологии. Изд-во «Наука», Ленинград.
Лях А.М. 2007. Геометрическое моделирование диатомовых водорослей рода Cymbella Agardh. Экология моря 74: 50–55.
Лях А.М. 2005. Сравнение методов оценки объемов и площадей поверхности диатомовых водорослей. Наук. зап. Терноп. нац. Пед. ун-ту. Сер. Біологія 4 (27): 144–146.
Лях А.М. 2010. Оценка морфометрических характеристик диатомовых водорослей с использованием трехмерных геометрических моделей. Автореф. дисс. канд. биол. наук. Севастополь.
Лях А.М. и Брянцева Ю.В. 2008. Формулы для вычисления объемов и поверхностей микроводорослей, находящихся в коллекции ИнБЮМ. Микроводоросли Черного моря: проблемы сохранения биоразнообразия и биотехнологического использования: 281–290. ЭКОСИ-Гидрофизика, Севастополь.
Лях А.М. и Брянцева Ю.В. 2011. Оптимизация измерений представителей трех видов динофитовых водорослей рода Neoceratium (Dinophyceae). Морской экологический журнал 2: 66–72.
Лях А.М. и Неврова Е.Ю. 2010. Пространственное распределение морфохарактеристик бентосных диатомовых водорослей по акваториям бухт Севастопольской и Ласпи (Черное море). Наук. зап. Терноп. нац. пед. ун-ту. Сер. Біол. 3 (44): 146–148.
Лях А.М. и Токарев Ю.Н. 2005. Оценка объемов и площадей поверхности диатомовых водорослей при помощи трехмерных моделей. Морской экологический журнал 1: 69–77.
Неврова Е.Л. и Лях А.М. 2006. Новые и редкие для Черного моря виды донных диатомовых (Bacillariophyta) и определение их биомассы с помощью трехмерного моделирования. Экология моря 72: 30–37.
Хайлов К.М., Празукин А.В., Кавардаков С.А., Рыгалов В.Е. 1992. Функциональная морфология морских многоклеточных водорослей. Наук. думка, Киев.
Alvez-de-Souza C., Gonzalez M.T., Iriarte J.L. 2008. Functional groups in marine phytoplankton assemblages dominated by diatoms in fjords of southern Chile. J. Plankton Res. 30 (11): 1233–1243.
Hillebrand H., Dürselen C.–D., Kirschel D., Pollingher U., Zohary T. 1999. Biovolume calculation for pelagic and benthic microalgae. J. Phycology 35: 403–424.
Kruk C., Mazzeo N., Lacerot G., Reynolds C.S. 2002. Classification schemes for phytoplankton: a local validation of a functional approach to the analysis of species temporal replacement. J. Plankton Res. 24 (9): 901–912.
Lyakh A. 2007. A new method for accurate estimation of diatom biovolume and surface area. Proc. of the 1st Central European Diatom Meeting, 2007. Berlin: 113–116. Freie Universitat Berlin.
Sun J. & Liu D. 2003. Geometric models for calculating cell biovolume and surface area for phytoplankton. J. Plankton Res. 23 (11): 1331–1346.